在丽江，大大小小的寺庙多不胜数，其中比较出名的五大寺庙（以下会有详细介绍）分别为：普济寺、玉峰寺、指云寺、文峰寺、福国寺，另外还有：白塔寺、石莲寺、普贤寺、睡佛寺、启文寺、弘法寺、白马龙潭寺……共计十二大寺庙，这是一种说法。
也有另一种说法：丽江有十三大寺属于藏传佛教噶玛噶举派寺院，其范围包括整个滇西北，在滇西北、云南乃至东南亚都有较大影响，包含福国寺、指云寺、文峰寺、玉峰寺、普济寺、兴化寺、灵照寺、达来寺、兰经寺、达摩寺、来远寺、寿国寺、普化寺。
由于十三大寺有着深厚的历史渊源和密切的内在联系，是完整不可分割的整体，“丽江十三大寺”是历史形成的，约定俗成的、世人公认的，一旦改动，反而不伦不类。
福国寺
福国寺位于玉龙县白沙乡芝山上，始建于明万历十五年（1587年），原为汉传佛教和尚庙，住持多为鸡足山僧人，后明熹宗赐名“福国”，并御赐金匾额。清康熙年间，西藏大宝法王到丽江，驻于福国寺，临行，留喇嘛数人于寺中。
康熙十八年（1679年）改为藏传佛教喇嘛寺，藏名“奥敏南卓林”，意为“色究竟天解脱林”。该寺为丽江五大寺的母寺，是云南最大的噶玛噶举寺院，噶玛巴、夏玛巴、大司徒仁波切、嘉曹仁波切等曾在此主持大法会，佛法极为兴盛，最兴盛时有喇嘛180多人，收地租1000石，寺中珍藏有很多有关噶玛巴活动的圣迹和文物。
清同治甲子年（1864年）正月毁于兵火，光绪八年（1882年）重建。原有寺院公房5大院，僧房38院，其中“五凤楼”（又名“法云阁”）建筑极其精致，在国内外享有盛誉。“文革”时期，福国寺大殿“五凤楼”及门楼迁至黑龙潭公园，其余遭毁坏，现正在进行恢复重建。
为云南省省级重点文物保护单位。解脱林门楼，为重檐歇山抬梁式建筑，面阔5间，进深4间，建筑风格典雅凝重，为县级重点文物保护单位。
指云寺
指云寺位于玉龙县拉市坝西边株度山麓，藏名“额敦品措林”，意为“了义圆满林”。指云寺于雍正五年（1727年）开始募捐财物筹建寺庙。
期间，第八世大司徒仁波切朝鸡足山时，应木氏土司之请来到了丽江。请大司徒仁波切为其选寺址，大司徒仁波切略一沉思后，即以手指远处祥云笼罩的山说：“就那里，那座山上的落水洞中留有莲花生大师的脚印。”按照大司徒仁波切的指示筹建寺庙，并将寺名称作“指云寺”，同年由知府捐助修建而成，后毁于兵火，光绪五年（1879年）由住持喇嘛修复。原有公房4大院（现尚存），僧房22院（现仅存一院）。
1959年以后，在寺内开办县农业中学、“五七”干校、县二中等，部分房屋遭损毁。1989年，剩余房屋遭哄抢拆毁，今仅存大殿。1995年修复大殿，1999年又重塑了佛像，指云寺属省级重点文物保护单位。
文峰寺
文峰寺位于玉龙县城郊海拔2700米的文笔山山腰，藏名“桑昂噶泽林”，意为“密乘喜祗林”。原为灵寿寺旧址，雍正十一年（1733年）噶玛巴在此讲经说法，并建一茅屋。
乾隆四年（1739年），丽江木氏土司邀请噶玛噶举派四宝法王前来丽江弘扬佛法，并请大司徒法王选址建寺，次年建成，道光八年（1828年）扩建，始称文峰寺，是藏传佛教噶玛噶举白教最高学府之一。
文峰寺属省级重点文物保护单位。从十三世东宝·仲巴呼图克图被大宝法王及大司徒法王指派全权管理滇西北十三大寺的教务开始，至今已有300多年的历史。
玉峰寺
玉峰寺位于玉龙县白沙乡玉龙山南麓，藏名“扎西曲批林”，意为“吉祥弘法林”，建于清康熙三十九年(1770年)，为藏传佛教噶玛噶举派滇西北十三大寺之一。现在是丽江著名的风景名胜和旅游胜地之一，也是县级重点文物保护单位。
玉峰寺北托雪峰，南拱文笔，后倚青山，居高临下，可以远眺玉龙雪山四时变幻的景色，俯瞰丽江坝子绮丽的风光。主寺坐西朝东，由山门、配殿、正殿组成四合院落。正殿为重檐歇山抬梁式建筑，平面呈矩形，面阔5间，进深4间，高12米，脊饰宝鼎、鸱尾。
寺前有一圆池，池水清莹，青峰翠岭，蓝天白云，倒映池中，故名宝镜池。主寺北侧，有两座僧房小院，依山就势而建，涧槽引来泉水，院旁种植果木，篱笆围作园圃。院内有一棵山茶古树，据说为玉峰寺建寺前和尚庙内所植，距今已500年。下院又称十里香院，为一小巧玲珑的四合院落。十里香，雪白如玉，气味清香，为玉峰寺的名花之一。玉峰寺风景优美，四周林木深稠，泉水潆洄，“万朵山茶”名扬天下。
普济寺
普济寺，藏语称“塔尔培兰辛林”，位于丽江市西6公里处的黄山。这里山峦起伏，树木葱茏。寺背倚黄山，北盘玉龙，南耸文笔，前与黑龙潭遥遥相望。殿宇巍峨，古意茫茫，楼阁层甍，引人入胜。
据志书载，普济寺始建于清代乾隆三十六年（1771年），嘉庆十一年（1807年）重修，道光十四年（1834年）增修。民国二十六年（1937年）重新修葺，大殿覆以铜瓦，从此铜瓦殿便闻名遐迩，是省内罕见的一座铜瓦殿。1987年12月公布为云南省省级重点文物保护单位。
普济寺建造布局坐西向东，依山取势，参差错落。一条中轴线贯穿着主要建筑山门、护法堂、配殿、大殿，显得均衡整肃，对称协调；附属建筑尚有客堂、方丈，建筑总面积为831.66平方米。
普济寺大殿台基取常见的方直轮廓，高4.2米，显得大殿更高大。普济寺原有僧院12所，现存3所，原有喇嘛30人，现有2人，寺外周围梨树成林，梨花满坡，每到春来花放，游人如织。
普济寺始建于清朝乾隆年间，据传开山喇嘛，因受四宝法王指教说：“你要建寺就要建在山腰有水之处，以望水映山为美，近而池，远而海。”选址在普济村的山腰密林中，旁有一池清泉，前临中海海水，远望古城黑龙潭水充满神境灵气的龟蛇狮象尽收眼底，成就了普济寺山清水秀，相互映照的自然美景。
兴化寺
兴化寺位于巨甸镇金河村委会阿喃弯村，建于清康熙四十年（1701），原有大殿护法堂、活佛院僧侣休闲院、厨房6院公房，常驻僧侣200多人，是仅次于福国寺的第二大寺。
其寺督噶七世活佛在民国年间曾受国民政府蒋介石委员长召见，赐名“呼图克图督噶上师”称号，声名大震，1946年回兴化寺，新中国成立后任国家佛协理事，1953年任云南少数民族北京观礼团长，受到中央领导接见，毛主席还特意给他一件黄锦缎马褂，1976年2月圆寂。
历经“文化大革命”的浩劫，兴化寺彻底毁灭，只有当地人称之为喇嘛山的山脚下供奉着兴化寺开山祖师典品牌位碑，上写“民国五年六月二十七日立”，据说这块祖师牌在“文革”时，有村民把其埋藏于杂草中才幸免于难。
灵照寺
灵照寺，藏名扎西噶期林，意为“吉祥喜聚苑”，位于丽江市玉龙县鲁甸坝子西北角。原有僧房12院，常住僧人80名。
达来寺位于玉龙县城西北170公里处塔城乡洛固村委会，藏名幸珠达杰林，意为“讲修兴盛林”，建于清雍正年间，原有大殿1院，僧房21所。“文革”期间，寺院被毁，时有当地村民在此开展宗教活动。
达摩寺
达摩寺藏名“丹培林”。位于维西县塔城镇启别村境内，藏传佛教噶玛噶举派寺院。“丹”佛教教义，“培”兴盛，全意为教义兴盛寺。
该寺又称“达摩乃归”，“达摩”指藏传佛教希解派祖师达摩(藏语称帕达巴桑杰)，“乃”圣地，“归”寺庙，意为达摩祖师圣地的寺院。
该寺建于清康熙元年（1662年）据传建寺者为一纳西族高僧，因其在达摩祖师洞修行有感于达摩祖师对此地法缘，而发愿建一寺庙以供奉达摩祖师。使当地纳西信众有一皈依之所，因此该寺又称为达摩寺。僧侣均为附近地区的纳西族。
后来在第一世督嘎活佛及当地土目的帮助下，该寺不断扩大，称为“江域噶玛噶举十三大寺”之一。现有僧人28名。
来远寺
来远寺位于维西县塔城镇其宗村境内，藏传佛教止贡噶举派寺院，藏名“绕吉林”，“绕”世代，“吉”兴旺发达，寺院全称意为“世代兴旺发达之寺”。
该寺坐落于藏传佛教著名胜地“达摩祖师洞”左下方，建寺年代不详。该寺现有僧人101名。
寿国寺位于维西县康普乡岔枝村境内，藏传佛教噶玛噶举派寺院，藏名“扎西达吉林”，“扎西”吉祥，“达吉”兴盛，“林”寺院，意为吉祥兴盛寺，是“江域噶玛噶举十三大寺”之一。
始建于清雍正七年（1729年）。时年恰逢清政府首次派流官治理维西，康普土司禾氏率先拥护，捐资建寺，并取名“寿国”为寺院汉名。原寺址坐落于一个形似大鹏鸟展翅的山坡上，为噶玛派在卡瓦格博地区的鹏寺，清乾隆十年毁于火灾，清乾隆三十五年（1770年）迁至现址重建。寺院由山门、飞殿、侧殿组成一座四合院，融合了藏、汉、白、纳西的建筑特点。
正殿内壁画工笔重彩，满室生辉，是藏汉文化合壁的典范，具有很高的艺术价值，虽历经百年，主建筑和壁画仍保持完好。现已被列为国家级文物保护单位，该寺现有僧人15名。
普化寺
普化寺位于丙中洛甲生村东风自然组，是怒江州境内唯一的喇嘛寺。普化寺原隶属于四川省德格县的佐钦寺，与香格里拉县的承恩寺关系密切，属藏传佛教噶举派。
贡山县藏传佛教(喇嘛教)是随着藏族人迁入贡山而传入的，清乾隆三十七年(1772年)传入。后来在贡山甲查姆桶地正式建寺，原为草顶房，取名“飞来寺”。清乾隆四十八年(1783年)通过民间募捐集资，外地请来工匠，将原草房改为瓦房土木结构，重新建寺。
于清道光二十五年(1825年)扩建成金碧辉煌的喇嘛寺，更名为“普化寺”。寺庙为三层楼房，雕梁画栋，内有泥塑佛像和彩色壁画。兴盛时期，丙中洛普化寺有数百亩田产、数百头(匹)牛马、数千只羊，有100多位僧侣。
普化寺已公布为怒江僳僳族自治州州级文物保护单位。普化寺分管着6个“义巴西宫”，每个“义巴西宫”都有负责人1名，每个“义巴西宫”的负责人在节日、其它活动期间，向信教群众宣传法律、法规、治安条例等法律知识，让信教群众对法制、治安条例增强意识，提高信教群众素质。
