佳能6D采用的对焦系统为11个点的自动对焦系统，其中中心点采用了十字型对焦器，对焦速度较快。
在对焦方式上，使用单次自动对焦（One-Shot AF）或AI伺服自动对焦（AI Servo AF）均可获得较清晰的对焦效果，具体要看拍摄对象的运动状态和拍摄环境的变化。单次自动对焦适用于静态拍摄，AI伺服自动对焦适用于追踪运动物体拍摄。
佳能6D还支持手动对焦（MF）和直接手动对焦（AF+MF）等多种对焦方式，可以根据实际需要选择合适的对焦方式以获得最清晰的对焦效果。
M FOCUS 手动对焦。手动对焦模式用镜头上的AF/MF开关切换拍静物一般用ONE SHOT,拍动体一般用AI SERVO,懒的换来换去就用AI FOCUS。
