对比检测自动对焦系统的原理是根据焦点处画面的对比度变化，寻找对比度最大时的镜头位置，也就是准确对焦的位置。
对焦过程：随着对焦镜片开始移动，画面逐渐清晰，对比度开始上升；当画面最清晰，对比度最高时，其实已经处于合焦状态，但相机并不知道，所以会继续移动镜头，当发现对比度开始下降。进一步移动镜片，发现对比度进一步下降，相机知道已经错过焦点；镜片回退至对比度最高的位置，完成对焦。
相位检测自动对焦：
相位检测对焦比反差对焦多出一些硬件部分。包括一个分离镜头(和线性传感器图像通过分离镜头分离出2个图像，然后通过线性传感器检测出两个图像之间的距离。
现代相位检测对焦系统中的传感器部分比上面的要复杂很多，一般是组合多个不同方向的线性传感器，形成多方向的反差检测。这些多出硬件部分无疑增加成本，结构也更复杂。
镜头进来的光线，大部份向上反射到五菱镜，再送到观景窗，一部份穿过反光镜，再向下反射送给对焦模块可以看到反光镜后，向下分光反射给对焦模块的镜片
由于对焦过程是在拍摄之前，而且会将原光束进行分离。所以最终到达线性传感器上的光线会变得很弱。所以这种对焦方式对原始光线的要求会比较高。光线不足会很大程度的减弱对焦的成功率和速度。这也是对焦系统有光圈要求以及一些单反相机具备对焦辅助灯的原因。
相比反差式的需要来回多次“错过”准确焦点的位置来对焦的方式，相位式对焦在一开始的时候就可以通过相位检测的信号来判断当前的焦点位置是靠前还是靠后。并且准确的告诉镜头驱动模块，应该将镜片向哪个方向移动。而且在准确焦点位置的时候，相位检测系统可以准确的知道当前已经处于合焦状态。不需要再重复来回移动对焦镜片组。所以在速度上会比反差式对焦快很多。
简单来说相位侦测对焦更快但是对光线要求较高，对比侦测对焦结构简单、硬件少、光线要求低但会“犹豫”对焦慢。两者各有其优势。
