所谓的机身对焦，指的是对焦马达在机身内部，镜头上不设对焦马达。对焦时，机身马达将力矩传送到镜头上，驱动镜头完成对焦操作。机身对焦的优点是，由于镜头中不包含驱动马达，所以能有效地降低成本。但是机身对焦也有一大问题。第一，机身驱动，不可避免到底造成对焦速度较慢。另外，一些长焦镜头，由于重量重，机身马达未必有足够的力矩去快速驱动它。
所谓的镜头对焦，则是指对焦马达位于镜头上。镜头和机身之间只需要传输对焦数据即可。镜头上的微处理器接收到对焦数据后，给镜头马达发出指令，让后者驱动镜头，完成对焦操作。镜头对焦的特点是，马达能跟镜头之间达到最佳匹配，速度快，但是价格昂贵。佳能的数码单反就采用镜头对焦方式。应该说，这是未来数码单反发展的一种趋势。
当然，机身对焦的数码相机
，也可以使用内置对焦马达的镜头。这时候，机身内的对焦马达被自动屏蔽，仍然采用镜头驱动的方式。例如，尼康、索尼和宾得等镜头，也有具备超声波马达的型号，只是不如佳能这么普遍罢了。事实上，尼康等品牌正在大力扩展这类自带超声波马达的镜头，同时还推出了省略了机身马达的数码单反。例如，尼康的D40/D40X就是这样的产品。
